| Segunda División (1912–1921) | |
| 1912 | Atlético Grau No. 1 | Unión Miraflores |
| 1913 | Sporting Fry | Atlético Peruano |
| 1914 | Unión Miraflores | Sport José Gálvez |
| 1915 | Juan Bielovucic | Jorge Chávez |
| 1916 | Sportivo Tarapacá Ferrocarril | Unión Perú |
| 1917 | Sport Vitarte | Sport Progreso |
| 1918 | Sport José Gálvez | Sport Calavera |
| 1919 | | |
| 1920 | Juan Bielovucic | Unión Barranco |
| 1921 | | |
| | |
| División Intermedia (1922–1934)[edit] | |
| 1922 | | |
| 1923 | | |
| 1924 | | |
| 1925 | | |
| 1926 | Association Alianza | Ciclista Lima |
| 1927 Primera Serie | Sportivo Unión | Alberto Secada |
| 1927 Segunda Serie | Alianza Callao | Jorge Chávez (C) |
| 1927 Tercera Serie | Alianza Chorrillos | Jorge Washington |
| 1928 | Sporting Tabaco | Hidroaviación |
| 1929 | Lawn Tennis | Association Alianza |
| 1930 | Atlético Frigorífico | Alianza Cóndor |
| 1931 | Sport Progreso | |
| 1932 | Sucre | Sport Boys |
| 1933 | Unión Carbone | Association Alianza |
| 1934 | Sport Progreso | Sportivo Melgar |
| | |
| Primera División B (1935) | |
| 1935 | Sporting Tabaco | Unión Carbone |
| | |
| Liga del Callao (1935) | |
| 1935 | Atlético Chalaco | Telmo Carbajo |
| Primera División Unificada de Lima y Callao (1936–1938) | |
| 1936 | Deportivo Municipal | Sportivo Melgar |
| 1937 | Ciclista Lima | Progresista Apurímac |
| 1938 | Atlético Córdova | Centro Iqueño |
| | |
| Ascenso a la División de Honor de Lima y Callao (1939–1941) | |
| 1939 Liga de Lima | Alianza Lima | Centro Iqueño |
| 1939 Liga del Callao | Social San Carlos | Telmo Carbajo |
| 1940 Liga del Lima | Santiago Barranco | Centro Iqueño |
| 1940 Liga del Callao | Telmo Carbajo | |
| 1941 | Santiago Barranco | Centro Iqueño |
| 1942 | Progresista Apurímac | Ciclista Lima |
| | |
| Segunda División Metropolitana (1943–1987) | |
| 1943 | Telmo Carbajo | Progresista Apurímac |
| 1944 | Ciclista Lima | Telmo Carbajo |
| 1945 | Santiago Barranco | Atlético Lusitania |
| 1946 | Ciclista Lima | Unión Callao |
| 1947 | Jorge Chávez (C) | Santiago Barranco |
| 1948 | Centro Iqueño | Santiago Barranco |
| 1949 | Jorge Chávez (C) | Ciclista Lima |
| 1950 | Unión Callao | Association Chorrillos |
| 1951 | Association Chorrillos | Atlético Lusitania |
| 1952 | Unión Callao | Porvenir Miraflores |
| 1953 | Carlos Concha | Atlético Lusitania |
| 1954 | Unión Callao | KDT Nacional |
| 1955 | Carlos Concha | Porvenir Miraflores |
| 1956 | Porvenir Miraflores | Unión América |
| 1957 | Mariscal Castilla | Carlos Concha |
| 1958 | Unión América | Porvenir Miraflores |
| 1959 | Mariscal Sucre | KDT Nacional |
| 1960 | Defensor Lima | Carlos Concha |
| 1961 | KDT Nacional | Association Chorrillos |
| 1962 | Mariscal Sucre | Carlos Concha |
| 1963 | Carlos Concha | Porvenir Miraflores |
| 1964 | Defensor Arica | Porvenir Miraflores |
| 1965 | Mariscal Sucre | Intimos de la Legua |
| 1966 | Porvenir Miraflores | Racing |
| 1967 | KDT Nacional | Independiente Sacachispas |
| 1968 | Deportivo Municipal | ADO |
| 1969 | SIMA | Mariscal Sucre |
| 1970 | ADO | Centro Iqueño |
| 1971 | SIMA | Atlético Chalaco |
| 1972 | Atlético Chalaco | Porvenir Miraflores |
| 1973–1982 | No Tournament | |
| 1983 | Unión Gonzáles Prada | Juventud La Palma |
| 1984 | Unión Gonzáles Prada | Juventud La Joya |
| 1985 | Guardia Republicana | Cantolao |
| 1986 | Internazionale | AELU |
| 1987 | AELU | — |
| Guardia Republicana | |
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| Segunda División Metropolitana Profesional (1988–2005) | |
| 1988 | Defensor Lima | Juventud La Palma |
| 1989 | Sport Boys | Juventud La Palma |
| 1990 | Hijos de Yurimaguas | Walter Ormeño |
| 1991 | Enrique Lau Chun | Deportivo Zúñiga |
| 1992 | Unión Huaral | Ciclista Lima |
| 1993 | Ciclista Lima | Guardia Republicana |
| 1994 | Unión Huaral | Hijos de Yurimaguas |
| 1995 | Guardia Republicana | Deportivo Zúñiga |
| 1996 | Alcides Vigo | Hijos de Yurimaguas |
| 1997 | Lawn Tennis | Bella Esperanza |
| 1998 | Hijos de Yurimaguas | Alcides Vigo |
| 1999 | América Cochahuayco | Sporting Cristal B |
| 2000 | Deportivo Aviación | Alcides Vigo |
| 2001 | Alcides Vigo | AELU |
| 2002 | Unión Huaral | Defensor Villa del Mar |
| 2003 | Sport Coopsol | Sporting Cristal B |
| 2004 | Olimpico Aurora | Deportivo Municipal |
| 2005 | Olimpico Aurora | Deportivo Aviación |
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| Segunda División Nacional (2006–2018) | |
| 2006 | Deportivo Municipal | Universidad San Marcos |
| 2007 | Universidad César Vallejo | Atlético Minero |
| 2008 | Total Clean | Inti Gas |
| 2009 | Sport Boys | Cobresol |
| 2010 | Cobresol | Sport Áncash |
| 2011 | José Gálvez | Deportivo Coopsol |
| 2012 | Pacífico | Deportivo Coopsol |
| 2013 | Los Caimanes | Alfonso Ugarte |
| 2014 | Deportivo Municipal | Deportivo Coopsol |
| 2015 | Comerciantes Unidos | Los Caimanes |
| 2016 | Cantolao | Sport Ancash |
| 2017 | Sport Boys | Universidad César Vallejo |
| 2018 | Universidad César Vallejo | Carlos A. Mannucci |
| | |
| Liga 2 (2019–present) | |
| 2019 | Cienciano | Alianza Atlético |
| 2020 | | |
